1964年，华侨大学创办“工业与民用建筑”本科专业。

1970年，华侨大学被迫停办，办学六年间共培养 “工业与民用建筑”专业毕业生216名。

1978年，国务院决定复办华侨大学，土木工程系同年招收“工业与民用建筑”专业本科生。

1986年，获得 “结构工程”工学硕士学位授予权（第三批）（1983年开始招收研究生）。

1987年，国侨办和福建省批准“建筑工程”为重点学科。

1993年，增设“房地产经营与管理”本科专业。（1999年因专业目录调整为工程管理专业）

1996年，福建省批准“地震工程与防护工程”（防灾减灾工程与防护工程）为重点学科。

1997年，建筑工程专业（土木工程专业）首次通过住建部高等教育专业评估。

2000年，获得“工程力学”工学硕士学位授予权。

2003年，获得“结构工程”工学博士学位授予权（第九批）、“防灾减灾工程与防护工程”工学硕士学位授予权（第九批）、“建筑与土木工程”专业硕士学位授予权。增设“给水排水工程”和“土地资源管理”本科专业。

2004年，成立土木工程学院。

2005年，开始以厦门校区招生；福建省批准“结构工程”为重点学科；工程管理专业首次通过住建部高等教育专业评估。

2006年，厦门校区启用，土木工程学院开始在厦门办学。

2007年，力学与工程结构实验中心被评为省级实验教学示范中心。

2008年，土木工程专业获批国家级特色专业建设点；工程管理获批福建省特色专业建设点。

2009年，获批 “土木工程”博士后科研流动站；牵头成立 “中国建筑学会抗震防灾分会村镇防灾专业委员会”。

2010年，获得 “土木工程” 一级学科硕士学位授予权。

2011年，国家自然科学基金项目申请取得突破，获批8项资助，获批项目数居学校前茅。

2012年，福建省批准“土木工程”一级学科为特色重点学科和重点学科；福建省结构工程与防灾重点实验室批准建设。

2013年，成功主办了新中国成立以来第一次村镇防灾全国性学术会议。

2014年，召开土木工程学科成立50周年学术论坛，启用土木工程学院学科实验大楼；增设“城市地下空间工程”本科专业。

2015年，福建省结构工程与防灾重点实验室通过评估并授牌。

2016年，给排水科学与工程专业首次通过住建部高等教育专业评估。土木工程虚拟仿真实验中心被评为省级实验教学示范中心。